남방의과대학교의 전신은 중국인민해방군제1군에 속한 대학으로 1951년에 설립되었고, 1979년에 중국 중점대학으로 선정되었으며, 2004년 8월에 남방의과대학으로 개명하였다. 학교 부지 총면적은 176.68만 평방미터, 총 건축면적은 85.41만 평방미터이다.

학교에는 임상의학원(临床医学院), 기초의학원, 중의약학원, 간호학원, 생물기술학원, 의학원, 공공위생 및 열대의학학원, 생물의학공정학원, 인문사회과학의학, 외국어 및 국제교류학원, 연구생학원, 의학전업기술학원 등의 학원이 있다.

학교 구성원으로는 현재 교직원 2,478명, 원사 2명, 박사지도교수 174명, 석사지도교수 419명이 있으며, 전일제 학생은 12,302명, 그 중 본과생 7,343명, 연구생 2,442명, 유학생 229명이 있다.

의학, 이학, 공학, 문학, 관리학, 법학, 경제학 등 7개 학과가 있으며, 4개, 박사학위 수여점 1급 학과 6개, 박수 후 과학연구 유동점(박사수업을 끝마친 학자들이 여러 연구소나 학교 연구기구 등을 다니면서 연구와 교수를 계속하는데 이런 학자들이 모이는 연구소 등을 일컫는다) 4개, 박사학위 수여점 53개, 석사학위 수여점 65개가 있다.

광동성 중점 학과 10개, 교육부공정연구센터 1개, 성부공동건설중점실험실 1개, 광동성줌점실험실 12개, 광동성교육청 중점 실험실 3개가 있다.

개설학과
- 연수
- 학부
- 석사과정
- 박사과정

유학생 대상 학과
임상의학: 인체해부학, 생리학, 생물화학, 병리학, 약리학, 진단학, 내과학, 외과학, 중의학, 산부인과학, 소아학, 예방의학.

중의학
주요과정: 중의학기소, 현대의학기소, 중의고정의적, 임상의학기초, 중의진단학, 중약학, 처방학, 중의내과학, 중의외과학, 침구학, 중의급진학.

중서의 결합
주요과정: 중의기초이론, 중의진단학, 중약학, 중의경전읽기, 정상인체해부학, 생리학, 생물화학, 약리학, 서의진단학, 중서의결합내과학, 중서의결합외과학, 중성의결합소아학, 안마학, 침구학

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